En la etapa histórica de la Reforma en México, de mediados del siglo XIX, Benito Juárez, como Presidente de la República, estableció el nuevo paradigma de la administración pública mexicana prevista en el régimen de la Constitución de 1857.
La reconstrucción de la administración del Estado conducida por Juárez, en el ejercicio del gobierno federal, se enlazó en tres escenarios dados por la dinámica política y social que se conjugaron de forma compleja, que tuvo que sortear mediante las reformas legislativas y la administración pública como la institución fundamental para fundar el nuevo orden administrativo, social, político y jurídico ante el comportamiento inestable del gobierno mexicano.
En un primer momento, en 1857, en su calidad de Presidente de la Suprema Corte de Justicia resultó, por sanción Constitucional, Presidente Interino de la República ante el Golpe de Estado por los militares dado de manera constante.
Esta etapa fue el inicio de la Tercera República o también llamado el Gobierno Itinerante de Juárez, que dejó de ejercer las funciones en el ámbito nacional al tener que gobernar desde distintos estados de la República que desconocían al gobierno usurpador del gobierno federal asentado en la ciudad de México, cuya responsabilidad de Juárez era realizar la labor de concretar la nueva administración para la transformación que mandataba la Constitución y, de este modo, mantener la vigencia de la misma.
Hizo frente a los ataques de los regímenes conservadores que se sucedían en el gobierno federal, que pretendieron derogar a la Constitución e impedir su cabal cumplimiento durante el lapso de la llamada Guerra de Tres Años o Guerra de Reforma (1858-1861).
En el período referido, comprendió el movimiento liberal para reestablecer el régimen Constitucional de 1857, que el Poder Ejecutivo estuviera a cargo de su legítimo titular, así como la forma federal del Estado mexicano, el gobierno republicano, la democracia representativa, el restablecimiento del Distrito Federal, de las instancias de los gobiernos y de las administraciones públicas federal y de los estados respetando el respectivo ámbito de sus competencias.
En este lapso de tiempo, el Presidente Juárez, con su gabinete itinerante, en 1858, con el respaldo del gobernador, en Veracruz, expidió las nominadas Leyes de Reforma, ordenamientos jurídicos que comprendieron los temas sobre nacionalización de bienes eclesiásticos, ocupación de bienes eclesiásticos, matrimonio civil, registro civil, secularización de cementerios, días festivos, libertad de cultos, hospitales y beneficencia y extinción de comunidades religiosas.
De forma tal que se expidieron, en 1859, la Ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos, la Ley del Matrimonio Civil, la Ley sobre el Estado Civil de las Personas. Después, en 1860, se publicó la Ley de Libertad de Cultos.
Posteriormente, en un segundo momento, en 1861, Benito Juárez, a su entrada a la ciudad de México, con el triunfo del movimiento liberal y republicano, convocó a la elección presidencial, en la cual resultó electo para el periodo de 1861 a 1865. Período en el que expidió los Decretos por el que cesó toda intervención del clero en cementerios y camposanto, así como por los que prohibió a los servidores públicos asistir con carácter oficial a los actos religiosos; en 1862 expidió el Decreto en que secularizaron los hospitales y establecimientos de beneficencia a cargo del clero.
Por último, con la Restauración de la República con la insurrección de los republicanos encabezados por Juárez, reconocido por los liberales, como presidente de la República, que combatieron a los regímenes de gobierno conservadores producto de la intervención francesa, así como a la monarquía de Maximiliano de Habsburgo, conocido como el Segundo Imperio Mexicano, fundado en 1864 hasta el año de 1867, en que fue fusilado Maximiliano, por el gobierno republicano.
El Presidente Juárez restauró el orden Constitucional y administrativo que el Segundo Imperio había intentado con la estructura centralizada única, fundamentado en el Estatuto Provisional del Imperio Mexicano, que expidió Maximiliano, en el que previó la existencia de ministerios, cuyos titulares, los ministros, serían responsables por sus delitos comunes y oficiales.
En la Restauración de la República, Juárez reestructura la administración pública federal. Restableció las Secretarías de Fomento y de Gobernación abrogadas durante los años de la guerra de intervención. A la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, se ingresó la oficina de Administración de Bienes Nacionalizados, para antender todo lo relativo a la administración y desamortización de las fincas y al cobro, adjudicación y reducción de los capitales que administró el clero. También se agregó la Dirección de Contabilidad y la Junta de Minería compuesta por representantes del gobierno y de los mineros. En la Secretaría de Guerra y Marina crea el Estado Mayor.
De modo tal que, la estructura de la administración pública centralizada, quedo conformada, además de las anteriores, por las Secretarías de Relaciones Exteriores, de Fomento, Colonización e Industria y Comercio y la de Justicia e Instrucción Pública.
En suma, la administración juarista, se condujo apegada al orden de la Constitución de 1857, como el medio institucional a fin de responder a los ideales liberales, al sistema federalista y democrático, a la separación del orden público y religioso, al establecimiento de los ordenamientos legales de los derechos de igualdad y libertad de los individuos, entre otras cuestiones.
La administración juarista constituyó uno de los momentos más destacados en la historia de México, en virtud de las transformaciones del orden administrativo a que dio lugar. Con ello, la Nación, sentó las bases para alcanzar la personalidad de Estado moderno y se constituyó, finalmente, en el soberano frente a los grupos de presión internos y extranjeros.
