La vida de las universidades es similar al ser humano; una lucha permanente para desempeñar a cabalidad su función. Decía Manuel Azaña que la libertad no hace más felices a los hombres, sino que los hace simplemente hombres; lo mismo pasa con las universidades, la autonomía no hace ni buena ni mala a una Universidad, puede haber unas que con autonomía sean de óptima calidad y otras que, gozando de ella, tengan muchas deficiencias.
Lo que sí hace la autonomía es que permite a las universidades cumplir con su doble misión: darles a quienes acuden a ella los elementos esenciales para desempeñar de manera adecuada y con calidad la profesión por la que tienen vocación y, al mismo tiempo, y quizás esto es más importante, formarlos íntegramente, con capacidad de comprender el mundo en el que están inmersos, entender la sociedad a la cual pertenecen y comprometerse en la solución de los problemas sociales.
Puede haber instituciones muy respetables de educación superior que tengan una finalidad específica, si es religiosa serán seminarios, conventos o monasterios, si, por el contrario, la finalidad es política, serán centros de capacitación, si es económica, financiera o de algún otro tipo, tendrán como objetivo formar cuadros que sirvan a esos fines. En cambio, una Universidad, más si es pública, debe mantenerse al margen de cualquier criterio, doctrina o finalidad específica.
Su obligación es la formación del libre albedrío de sus educandos; algunas veces se comenta que las universidades se han aburguesado, quien afirma esto no entiende la función de la Universidad. Las universidades no se pueden aburguesar o radicalizar sino, por el contrario, estas se enfocan exclusivamente en abrir caminos y establecer las condiciones para que quienes estudian en ellas puedan optar, según su saber y entender, por la ruta que más los convenza.
La idea de una Universidad autónoma surge, dato poco conocido, de la Constitución del Estado de San Luis Potosí, expedida en 1917, que en un transitorio creaba la Universidad Autónoma del Estado. Pese a que fue una novedosa idea de los visionarios constituyentes potosinos, no adquirió el aura ni el lustre que tendría la obtenida por la Universidad de Córdoba, en Argentina, unos años después.
En México, la autonomía se otorga a la Universidad Nacional en 1929 y, a partir de esa fecha, se ha ido consolidando y fortaleciendo. La idea de Universidad surgió para exclaustrar el conocimiento del ámbito eclesiástico, la de la autonomía para independizarse de las directrices estatales.
Actualmente, los peligros que acechan a las universidades son más variados y sutiles de los que eran hace un siglo. El deseo de orientar la formación y la educación de los jóvenes, el poder intervenir en las universidades ya no es solo hoy el interés de los estados o los gobiernos, sino de los grupos de poder económico, de partidos políticos, de sindicatos y de todos aquellos que ven en la educación una forma de incrementar su poder y su presencia en la sociedad.