Aunque Ramón S. Huerta siguió ligado a las fuerzas armadas, su precaria salud lo obligó a renunciar a las prolongadas comisiones y su vocación se decantó por la enseñanza. El 14 de mayo de 1891 se informó que, por acuerdo presidencial, obtuvo despacho de teniente coronel profesor del Hospital Militar de Instrucción. Tenía 34 años.
Seguramente esto significó un nuevo reto, pues, como comenta Cristina Urrutia, en esta época “la situación del país en cuestión de salud era caótica y había mucho por hacerse”, abundaban las epidemias de tifo, influenza, paludismo, viruela y lepra debido a la falta de un sistema de salud, sobre todo en las zonas marginadas. “La participación intensiva de los médicos en los programas de salubridad e higiene los acercó más a la población, la cual los veía con veneración cuando se recuperaban”.
Meses antes, Ramón puso toda su experiencia en socorrer a las víctimas de un trágico accidente: “Un espantoso acontecimiento, de esos que muy en tarde se presentan, acaba de ocurrir en el cercano pueblo de Santa Fe, en la fábrica nacional hizo explosión una enorme cantidad de pólvora. […] Tres talleres del departamento de la muela quedaron enteramente destruidos y cinco operarios de maestranza horrorosamente quemados. […] Inmediatamente se dio aviso al Hospital Militar saliendo en tren expreso el director y el comandante D. Ramón S. Huerta, entre otros. […] La causa de la catástrofe fue una falta de precaución”.

Ramón supervisó, en diversas ocasiones, las maniobras ambulatorias de sus alumnos, en las que marchaban con un convoy de enfermos a diferentes ciudades. En el ámbito personal mantuvo un perfil bajo. No encontré registro de que se haya casado, sin embargo, el 16 de diciembre de 1896 nació su único hijo, José Luis Ernesto, fruto de una relación con Asunción Vega. En febrero de 1899, por órdenes del secretario de Guerra Felipe Berriozábal, Ramón ocupó la administración del Hospital Militar, en sustitución de Zacarías Gómez.
El 23 de octubre de 1904 tuvo que regresar a Morelia: su padre Epitacio había fallecido por una “violenta neumonía” a los 78 años. Diversos periódicos cubrieron los hechos y recordaron la vida de quien fue, después de Díaz, “el más antiguo de los divisionarios”. Sus restos mortales fueron trasladados desde su hacienda hasta la capilla del Salón Central del Palacio de la ciudad y fueron custodiados por jefes y oficiales del estado.
Luego de 25 años de servicio, en agosto de 1909, Ramón se retiró del Ejército. Ese mismo año, “La Patria” reportó que había donado al gobierno de Michoacán “una valiosa biblioteca compuesta de numerosos volúmenes […]. El señor gobernador Mercado acordó dar las más expresivas gracias al donante”. Quizá tuvo problemas económicos, pues para 1910, luego de haber permanecido en su tierra natal, reingresó al cuerpo médico que pertenecía.
Pese a que permaneció neutral durante el huertismo, el 9 de febrero de 1914 ocurrió un hecho singular: Ramón, ya con 58 años, recibió de las manos del presidente Victoriano Huerta, la Cruz de constancia de 3ra clase. El último evento público registrado al que asistió fue una comida celebrada por el general Arturo Álvarez en el restaurante Bach, en marzo, a la cual acudieron otros militares y amigos.
Según el acta de matrimonio de su hijo, Ramón S. Huerta falleció antes de 1919. A pesar de la relevancia que pudo gozar en su tiempo, murió en el olvido, pues ningún periódico cubrió el suceso y su apellido fue manchado por las acciones de otro militar.